ساد الاعتقاد بأن الحريق لم يخلف عددًا كبيرًا من الوفيات، إذ أن الحالات التي تم تسجيلها رسميًا قليلة. يقدر بورتر (Porter) أن العدد لم يتخطى ثماني ضحايا،[46] وكذا يقول تينسوود أن "العدد لا يعدو عن حالات فردية"، مع ذلك يضيف أنه بالتأكيد لم يتم تسجيل بعض الوفيات، إذا أضفنا لهذا من لقوا مصرعهم بالاحتراق أو جراء استنشاق الدخان، فهناك كذلك من هلك من السكان اللاجئين داخل المخيمات البدائية.[47] كما يعارض هانسون فكرة قلة عدد الضحايا من الوفيات، حيث يأخذ في الحسبان الحالات من الناجين الذين راحوا ضحايا الجوع والبرد "جاثمين في الأكواخ، أو عاشوا على حطام ما كانوا من قبل يدعونه منزلاً"، في خلال الشتاء القارص الذي تلا الحريق، ومنهم الكاتب المسرحي جيمس شيرلي وزوجته على سبيل المثال. كما يذكر هانسون أنه "من السذاجة الاعتقاد بأن دوق يورك كان يقوم بتخليص الأجانب والبابويين الذين أجهز الناس عليهم بالفعل وفتكوا بهم،" بالإضافة إلى أن أعداد الضحايا الرسمية لم تأت على ذكر الفقراء غير المسجلين في الدولة، مع الأخذ في الاعتبار أن حرارة قلب العاصفة النارية، والتي تتخطى بمراحل حرارة الحرائق الاعتيادية، من شأنها أن تلتهم أجساد الناس بالكلية فلا تذر منها شيئًا إلا بعض شظايا عظام الجمجمة. ولما لم تتغذى النار على الخشب والأقمشة والقش فحسب، بل غذت النيران أيضًا مواد مثل الزيت والقار والفحم والودك والدهون والسكر والكحول وزيت التربنتين والبارود المخزون في المستودعات القائمة على ضفة النهر، جعلت حرارة الحريق من الارتفاع بمكان حتى أنها صهرت الحديد حديث الاستيراد المخزن بطول أرصفة الموانئ (والذي ينصهر عند نقطة انصهار تتراوح من 1250 درجة سليزية (2300 فارنهايت) إلى 1480 درجة سيلزية (2700 فارنهايت))، وصهرت كذلك السلاسل والأقفال الحديدية على بوابات المدينة (والتي تنصهر عند نقطة انصهار تترواح من 1100 درجة سيلزية (2000 فارنهايت) إلى 1650 درجة سيلزية (3000 فارنهايت)). ولم يكن الفقراء الجائلون في المدينة ينخلون حطام الحريق في بحث مضني عن أي متعلقات قيمة ليهتموا بشظايا العظام المتناثرة، ومثلهم العمال القائمون على إزالة الحطام أثناء عملية إعادة بناء المدينة لاحقًا. كما يؤكد هانسون، استنادًا للتفكير المنطقي وبناءً على "خبرتنا بكل حريق كبير أصاب مدينة حضرية على مر القرون الفائتة،" أن النيران قد باغتت بيوت الفقراء المتداعية بسرعة هائلة فلم ينجو منها "الشيوخ والرضع وأصحاب الإعاقات الجسدية" في أفضل الأحوال، وقد تكفل حطام الأسقف المتداعي بدفن الغبار والرماد من بقاياهم؛ مما يجعل معدل الخسائر في الأراوح أكثر بكثير من أربع ضحايا أو ثمانية، بل بلغع عدد الوفيات "بضعة مئات، أو دعنا نقول بضعة آلاف."[48]